En el coro se encuentra una sillería barroca de veintinueve sitiales separados por pendiente de frutas y rematada por un guardapolvo decorado por conchas y roleos. La silla principal ostenta el escudo del burgo de San Cernin (una media luna con las puntas hacia arriba abrazando una estrella de seis puntas). Hay también una tribuna para los miembros de la corporación municipal.
Una vidriera con dibujos geométricos y los emblemas episcopales y parroquiales adorna la ventana del muro oeste.
En uno de los laterales está el órgano, realizado a finales del siglo XIX con alguna reforma posterior. Tiene 1319 tubos distribuidos en 23 registros.
